Die Inselgruppe bildet den Rest einer einstigen Landverbindung zwischen Europa und Afrika. Als Hauptinsel besteht Malta aus einem Kalkplateau. Entsprechend sind die Küstensäume ausgebildet: im Norden und Osten eine buchtenreiche Flachlandküste, im Süden und Westen eine steile, unzugängliche Kliffküste mit zahlreichen Höhlen in verkarstetem Kalkgestein.

Die Insel Gozo, befindlich ca. fünf Kilometer nordwestlich von Malta hat die gleichen Plateauartige Höhen. Wegen des Kalkgesteins gibt es auf Malta kaum oberirdische Gewässer, die dünne Bodenschicht versucht man vorwiegend durch Aufschüttungen mit Bauaushub und organischen Abfällen zu stabilisieren.